Laboratorium mikroskopii elektronowej i badań strukturalnych ma charakter badawczy i wyposażone jest w nowoczesny elektronowy mikroskop skaningowy firm JEOL. Wykorzystywany jest on do badań morfologii powierzchni próbek przy powiększeniach sięgających 30 000 razy. Umożliwia on również obserwacje preparatów biologicznych.

Mikroskop wyposażony jest w analizator typu EDS pozwalający na przeprowadzenie analizy chemicznej próbek poddawanych obserwacji.

Na wyposażeniu laboratorium znajduje się również dyfraktometr rentgenowski wykorzystywany do badań struktury krystalicznej ciał stałych.